В результате битвы при Мелори (1284) Пиза отказалась от прав на Корсику в пользу Генуи. Еще одно сражение при Курцоле в 1298 году стало крупнейшим в войне между Генуей и Венецией. Победа Генуи позволила ей укрепить свою гегемонию в регионе западной части Средиземного моря и на Черном море.

Народное восстание 1339 года привело к смене формы правления. В течение следующих двухсот лет Генуей правили дожи. В результате очередной войны с Венецией, кульминацией которой стала битва при Кьоже (1380), Генуя потерпела поражение, что стало причиной упадка.

Вступившие в борьбу за регион Франция и Ломбардия поочередно занимали город. Начало XV века ознаменовалось возвышением банка Святого Георгия. Данное событие стало началом перехода генуэзского купечества от торговли к ростовщичеству. Генуя потеряла свои черноморские колонии вскоре после падения Константинополя в 1453 году. Последней каплей для республики стала потеря Средиземным морем своего торгового значения. Теперь основные торговые пути пролегали через Атлантический океан.

После 1528 года, когда Генуя фактически оказалась под протекторатом Испании, власть в городе перешла к олигархии. Австрия ненадолго подчинила себе Геную в середине XVIII века. Конец австрийскому влиянию пришел в результате народного восстания.