Морское дно глубокого Лигурийского моря отмечено выступающими секциями вулканической земли: скалистая береговая линия продолжается ниже поверхности воды с очень крутыми склонами, резко падающими вниз до максимальной глубины в 2000 метров. Скалистая окружающая среда является средой обитания белого леща, губана и рыбы скорпиона, в то время как в песчаных областях Вы найдете кефаль и изобилие морских раковин. Присутствие в водах Лигурии многочисленных морских разновидностей привело к тому, что правительство Италии, Франции и Монако подписали соглашение для создания первого Международного Заказника для Китов, который включает морскую область между Мысом Корсики, Ла Специей и Лазурным Берегом. В настоящее время есть восемь разновидностей китов, которые могут быть найдены в этих водах, включая полосатика, кашалота, грынду и дельфина бутылконоса. С 1997 году, в Лигурии также появилось два морских резервата: первый покрывает прибрежную область от Пунта дель Меско (Punta del Mesco) до Капо Монтенегро (Capo Montenegro), в Чинкве Терре, в то время как другой расположен рядом с Портофино на Восточной Ривьере, где статуя, известная, как "Христос Дипс" лежит у основания залива в Сан Фруттуосо.

Лигурийское море также предлагает много областей для любителей подводного плавания: недалеко от берега Arma di Taggia есть остатки двухмоторного бомбардировщика, который был подстрелен во время Второй Мировой Войны; рядом с побережьем Ривьеры делле Пальме Вы сможете увидеть затонувшие торговые лодки; в Голфо дель Тигульо (Golfo del Tigullio) также есть затонувшие судна рядом с берегом; наконец, в водах Чинкве Терре, также есть затонувшее торговое судно. Некоторые острова рядом с Лигурийским побережьем сохранили свою нетронутую человеком природу и также вызывают большой интерес у ученых с геологической точки зрения. Галлинара (Gallinara) и Бергеджи (Bergeggi) являются частью региональной сети парков и защищенных областей и были официально объявлены заповедниками. Согласно древнеримским историкам Страбону и Като, остров Галлинара получил свое название от куриц ("galline"), которые обитали на острове. Он находится перед побережьем Альбенга. Между четвертыми и пятыми столетиями Бенедиктинцы построили монастырь и небольшое кладбище на острове, в то время как в пятнадцатом столетии была построена круглая башня на вершине самого высокого холма, который видим и с земли и с моря. Благодаря тому, что на острове не жило много людей, он сохранил условия окружающей среды, которые благоприятны для сохранения средиземноморской флоры и фауны. Здесь растут некоторые редкие разновидности растений: савойский колокольчик, тиренский лихнис (Tyrhennian silenes), лигурийский лимон и Gallinara centaurea. На острове есть колония королевских чаек, а также здесь обитает много обычных чаек и жадин.

Перешеек, который когда-то соединил остров Бергеджи с материком, постепенно разрушался морем. Остров состоит из доломитового известняка, который типичен для области Савона. Бергеджи - частная собственность, и обычно не открыт для посещения, что привело к увеличению роста очень редких разновидностей, таких как савонский колокольчик, и другие, которые типичны для окружающей среды Средиземноморья, например, кустарник молочая, который является частью группы растений, которые обычно растут на Канарских и Азорских островах. Острова Палмария (Palmaria) и Тино (Tino), а также островок Тинетто (Tinetto) расположены недалеко от берега Портовенере в восточной Лигурии. Палмария интересен своими гротами, которые включают Грот Аццурра, к которому можно получить доступ только с моря, и Грот Коломбо, который населялся в доисторические времена. У острова Тино все еще сохранились руины аббатства, где Святой Венерио жил как отшельник. Следы монашеского поселения четвертого столетия могут также быть замечены на Тинетто.